Rue 89 a démissionné du Syndicat de la presse indépendante d'information en ligne (Spiil) «à la demande de son actionnaire», Le Nouvel Observateur, qui participe aux négociations des éditeurs avec Google, provoquant les «plus vives protestations» du Spiil. Dans une lettre du 23 décembre, Pierre Haski, président de Rue 89, a notifié son retrait du Spiil à Maurice Botbol, président du syndicat, «à compter du 1er janvier 2013». Toutefois, «les fondateurs de Rue 89 (...) restent fidèles aux valeurs qui lient entre eux les membres de cette communauté de journalistes et d'entrepreneurs et continueront de s'en inspirer dans leur action future», ajoute Pierre Haski. «Il ne s'agit pas d'une intrusion dans notre liberté éditoriale. Nous sommes dans un domaine relevant de la cohérence d'un groupe», a-t-il expliqué à l'AFP.
